Narito ang pangunahing dahilan:
* Si Mary ay dating reyna ng Scotland at may dugong maharlika na nagbibigay sa kanya ng posibleng karapatan sa trono ng England.
* Maraming Katoliko noon ang gustong palitan si Elizabeth at gawing reyna si Mary.
* Habang nakakulong sa England, nadawit si Mary sa ilang plano o “plots” laban kay Elizabeth, lalo na ang tinatawag na Babington Plot.
* Sa plot na iyon, may mga liham na nagsasabing pumayag si Mary sa planong patayin si Elizabeth upang siya ang maging reyna.
Dahil dito:
* Nilitis si Mary sa kasong pagtataksil.
* Hinatulan siyang mamatay.
* Noong February 8, 1587, pinugutan siya ng ulo sa kastilyo ng Fotheringhay sa England.
Hanggang ngayon, pinagdedebatehan pa rin ng mga historians kung totoong guilty si Mary o kung may pulitika at manipulasyon na nangyari laban sa kanya.
